O DNA nuclear (nDNA) e o DNA mitocondrial (mtDNA) diferem principalmente na localização, herança e função. O nDNA fica no núcleo da célula, herdado de ambos os pais (50/50%), armazena as informações genéticas que definem as características de um organismo, controlando o desenvolvimento, funcionamento, crescimento e reprodução celular. O nDNA codifica a maioria das proteínas celulares.
Enquanto o mtDNA situa-se no citoplasma da célula, dentro das mitocôndrias, herdado exclusivamente da mãe, e controla principalmente a bioenergética celular, codificando proteínas essenciais para a produção de energia celular (ATP). Ele atua como um genoma próprio nas mitocôndrias.
O mtDNA é mais propenso a mutações, possuindo uma taxa de dez a vinte vezes maior que o nDNA. O espermatozóide geralmente não contribui com o mtDNA e as mutações no mtDNA são herdadas de forma praticamente exclusiva pela linhagem materna.
Esse último aspecto é importante para compreendermos uma das razões, pela qual um ramo de uma família materna de sucesso, passa a fracassar a partir de um determinado momento.
Ou seja, o fato de uma égua pertencer a familia "X" não garante que ela expresse o exato mtDNA da égua fundadora ou de alguma égua base de um ramo dessa família (que pode ou não ter o exato mtDNA da fundadora). Consequentemente, avaliar uma futura reprodutora tendo a família materna à qual pertence como parâmetro principal, é um grave equívoco que comumente é praticado pelos haras.
Outra razão é o aporte de 50% de genes masculinos não compatíveis aos 50% de genes maternos para a atividade atlética. Esse aspecto no PSI é bastante conhecido por exemplos de combinações entre linhagens que se mostraram não afins.
Em contrapartida, na criação do PSI é evidente a convergência positiva de determinadas tribos, ou seja, combinações recorrentes entre linhas paternas e maternas que expressam complementaridade biológica. A explicação dessas combinações de sucesso é que, embora o mtDNA codifique um determinado número de genes essenciais, a mitocôndria ainda depende de muitas proteínas produzidas a partir do DNA nuclear (nDNA) para poder expressar sua melhor condição. E parte desse DNA (50%) vêm pelo lado masculino da combinação, a questão tecnica fundamental é conseguir filtrar no leque genético dos garanhões, quais linhagens oferecem melhor chance de positividade com o mtDNA das éguas trabalhadas.
Por tal razão encontramos ramos maternos pouco producentes ou mesmo de sucesso que em algum momento passaram a fracassar, renascerem na classe com a entrada de algum garanhão que aportou nDNA compatível ao mtDNA da égua.
A convergência das estruturas genéticas herdadas de determinadas tribos, que são geneticamente compatíveis, oferece uma expectativa de sucesso estatisticamente acima da média, moldando adequados traços de temperamento, biomecânica e aptidão atlética. Essas convergências refletem a interação entre diferentes tribos paternas e famílias maternas ao longo do tempo, tornando-as dinâmicas e acumulativas.
É também inegável, que o sucesso nas pistas está muito associado as chamadas reines-de-course, éguas com produção acima da média em classicismo. O impacto genético reflete, em muito, a prepotência reprodutiva dessas matriarcas que deram origem a múltiplas gerações de ganhadores de provas de Grupo, estabelecendo sucessivas gerações de dominância genética, que se caracterizam em potência e capacidade de resposta ao treinamento.
